оперативное объединение Российского флота, предназначенное для Дальневосточного театра военных действий в бассейне р. Амур и Уссури. Необходимость иметь на Амуре боевые силы флота выявилась уже с началом освоения Дальневосточного края в середине XIX в. В 1854 г. по реке прошел первый крупный караван барж и плотов. Тогда уже появился и первый военный корабль - пароход "Аргунь" (командир лейтенант А.С. Сгибнев). С 1855 г. в Николаевске-на-Амуре стали базироваться корабли, перешедшие с Камчатки, однако район их деятельности ограничивался в основном устьем и низовьями реки. После открытия главного военного порта во Владивостоке в 1871г. на Амуре для обеспечения работы экспедиций и дозорной службы оставалось только 5 небольших вооруженных пароходов Сибирской флотилии.
С конца XIX в. предпринимались попытки создания специальных военно-речных формирований на Амуре, что обусловливалось напряженной обстановкой в регионе. В 1897 г. образована Амурско-Уссурийская казачья флотилия из двух пароходов "Атаман" и "Казак Уссурийский", катера и двух барж. Первым ее командиром стал штурман дальнего плавания Д.А. Лухманов. Командованием Приамурского военного округа во время войны в Китае 1900-1901 гг. была создана флотилия из вооруженных речных пароходов "Хилок", "Третий", "Газимур", "Амазар", "Селенга" и "Сунгари".
Решение о формировании на Амуре специальной военной речной флотилии было принято в 1903 г., на Сормовском заводе размещены заказы на постройку 10 канонерских лодок. Во время русско-японской войны 1904-1905 гг. для защиты тылового района были вооружены 152-мм орудиями 6 барж, направленных к Софийску, а в Николаевске-на-Амуре установлен дозор 3 миноносок.
Опыт войны показал необходимость наличия на реке кораблей специальной постройки с крупнокалиберной артиллерией. Лучшим был признан проект четырехбашенной бронированной канонерской лодки, представленный инженерами Балтийского завода. Работу по строительству, вооружению и комплектованию нового оперативного объединения возглавил образованный в Санкт-Петербурге "Особый комитет по организации Амурской флотилии".
2 апреля 1905 г. приказом по флоту и морскому ведомству создан Отдельный отряд судов Сибирской флотилии (командир капитан 1-го ранга А.А. Кононов). В его состав вошли сормовские канонерские лодки "Бурят", "Монгол", "Орочанин", "Вогул", "Вотяк", "Зырянин", "Калмык", "Киргиз", "Корел" и "Сибиряк". В разобранном виде корабли доставили на реку Шилку, откуда введенные в строй они в 1907-1908 гг. перешли в Благовещенск. 28 апреля 1908 г. в состав Отдельного отряда включены построенные на Балтийском заводе башенные канонерские лодки "Вихрь", "Вьюга", "Гроза", "Смерч", "Тайфун", "Ураган", "Шквал", Шторм и 10 моторных посыльных судов (22.5 тонны, скорость хода 13.1 узла, одно 47-мм орудие и 2 пулемета, 13 человек). Башенные канонерские лодки с дизельными двигателями мощностью в 1 тыс. л.с. и радиусом действия до 3 тыс. миль, современными крупнокалиберными арт.системами, показали себя лучшими в мире речными кораблями. Перевезенные в разобранном виде на реку Шилку в село Кокуй, они в июне 1909 г. были введены в строй.
Официальной датой рождения флотилии стало 28 ноября 1908 г. Приказом по флоту и морскому ведомству все корабли Отдельного отряда были объединены в Амурскую речную флотилию, подчиненную в оперативном отношении командующему войсками Приамурского военного округа. Главной базой Амурской речной флотилии (АРФ) стал Осиповский затон под Хабаровском. Позже флотилия пополнилась вспомогательными судами и плав.средствами. В базе разместились ремонтные, механический, котельный и деревообделочный цеха, были построены дорога Осиповский затон - город Хабаровск, оградительная дамба, жилые и служебные здания.
Флотилия проводила напряженную учебно-боевую подготовку, корабли совершали плавания по Амуру от устья до Благовещенска и по Уссури, производили артиллерийские стрельбы и минные постановки. В районе границы с Китаем на Уссури и в устье реки Сунгари, у Николаевска-на-Амуре неслась брандвахтенная служба канонерскими лодками и посыльными судами. В 1912 г. прошли первые двусторонние маневры совместно с войсками военного округа, где отрабатывались вопросы взаимодействия, оказания огневой поддержки, перевозки и высадки сухопутных частей. В 1913 г. приняты "Правила артиллерийской стрельбы для речных судов". Большое внимание уделялось изучению театра боевых действий, особенностей плавания и боевого применения на реке. С ноября 1913 г. работал "Кружок офицеров Амурской речной флотилии" по "изучению и взаимному ознакомлении чинов по вопросам военно-речных знаний, связанных с жизнью и деятельностью Амурской флотилии". Кружком руководил флагманский артиллерист П.А. Панаев, здесь выступал известный путешественник В.К. Арсеньев, офицеры и чиновники готовили и обсуждали доклады по различным военным, военно-географическим, военно-историческим, техническим и политическим вопросам.
К лету 1914 г. в состав АРФ входили 8 речных канонерских лодок 2-го ранга (башенных), 10 речных канонерских лодок 3-го ранга, 10 посыльных судов, 3 парохода, плавучий док, несколько портовых плав.средств и барж. Главные силы базировались в Осиповском затоне, 4 канонерские лодки 3-го ранга и 2 посыльных судна - в Благовещенске. Личный состав насчитывал: 19 строевых офицеров, 2 инженер-механика, 10 медиков, 4 чиновника, 36 кондукторов, 69 сверхсрочнослужащих, 1,480 унтер-офицеров и матросов. Для офицеров флотилии с августа 1912 г. были установлены преимущества по службе: назначение на Амур только на срок три года, с продлением по желанию и с обязательным денежным вознаграждением, разрешалось присваивать воинское звание на категорию выше штатной (командирам канонерских лодок 2-го ранга - капитан 1-го ранга, командующему - вице-адмирал).
С началом первой мировой войны флотилия была приведена в боевую готовность, 4 канонерские лодки направлены для обороны устья Амура. Но с учетом спокойной военно-политической обстановки на Дальнем Востоке и необходимостью усиления действующих флотов на Европейском театре военных действий, Морской генеральный штаб приказал вывести в резерв часть кораблей. С них были сняты артиллерия, частично судовые машины и механизмы. С августа 1914 г. в строю оставались только башенные канонерские лодки "Смерч", "Шквал", канонерские лодки "Монгол", "Орочанин", посыльные суда "Пика" и "Копье", вспомогательные суда. На Черноморский и Балтийский флоты в 1915 г. были направлены 8 посыльных судов.
Командующие: капитан 1-го ранга А А. Кононов (1905-1910), контр-адмирал К.В. Бергель (1910-1913), контр-адмирал, вице-адмирал А.А. Баженов (1913-1917), капитан 1-го ранга Г.Г. Огильви (1917).