создана в 1873 г. по инициативе Министерства финансов для несения таможенной крейсерской службы вдоль Балтийского побережья. В состав флотилии входили вооруженные суда Балтийского флота. В 1880 г. флотилия состояла из 3 паровых шхун и 7 паровых барказов, укомплектованных офицерами и нижними чинами от флота. Находилась флотилия в ведении Министерства финансов. В 1898 г. Балтийская крейсерская таможенная флотилия была передана в корпус пограничной стражи.