Исторически, до Великого раскола 1054 г. римская и византийская церкви являлись частями единой христианской церковной организации с общей епископальной системой. После разделения церквей на католическую и православную основы епископальной организации обоих конфессий остались схожими. В доктринальной сфере обе церкви признают положение о том, что властные полномочия в религиозной организации проистекают не от человека, а от Господа Бога. Это единственный источник церковной власти, которая передается путем снисхождения благодати Святого Духа в таинстве рукоположения. Иисус Христос посвятил в священнический сан двенадцать апостолов, которые, в свою очередь передали благодать епископам, а те — священникам.
Первым христианским богословом, обозначившим общие принципы епископальной организации, был Святой Игнатий Антиохийский, ученик апостолов Петра и Иоанна. Он установил необходимость посвящения в каждый город одного епископа, которому должны подчиняться прочие священослужители. В период раннего христианства признавались четыре центра апостольской власти: Иерусалим, Антиохия, Александрия и Рим, чьи епископы поддерживали священническое преемство от апостолов Христа. Понятие апостольского преемства как источника церковной власти и способа сохранения догматов и обрядов в том виде, в каком они проповедовались двенадцатью апостолами, стало одной из центральных доктрин как католической, так и православной церквей, а также иных епископательных конфессий.
Константинопольский собор 381 г. и Халкидонский собор 451 г. утвердили верховную власть в христианской церкви патриарха Константинополя. Римский епископ (папа), основываясь на своем преемстве от апостола Петра, не признал верховенство Константинополя, что в дальнейшем стало одной из причин Великого раскола 1054 г. В католической церкви догмат о верховной власти папы римского стал основой формирования строгой иерархии епископов, подчиненных Святому Престолу. Православная церковь выработала собственную доктрину о верховенстве церковных соборов, сохранив при этом епископальную организацию, подчиненную патриарху (Константинопольскому, а позднее — патриархам национальных церквей).
В современной католической церкви папа римский является викарием Христа на Земле, а каждый из епископов — викарием Христа для своей епархии. В православных церквях принят принцип автокефальности, однако каждая из пятнадцати автокефальных церквей, а также автономные православные церкви, управляются иерархией епископов и архиепископов, подчиненных главе церкви (обычно, патриарху или митрополиту). В отличие от католичества в православии принята доктрина «соборной иерархии», согласно которой каждая из церквей, а равно и пятнадцать их глав, уподобляются собранию апостолов у трона Христа в «Откровении Иоанна Богослова».