Видный военный и государственный деятель, внук Ивана Васильевича. Был участником многих походов, воеводой в Кашире и Серпухове. Во время нашествия на Москву крымцев под предводительством хана Девлет-Гирея в 1571 г. безуспешно пытался остановить 120-тысячное войско. С 1577 г. боярин. Лично руководил героической обороной Пскова в 1581 г., во время осады его польским королем Стефаном Баторием. После снятия осады еще два года воеводствовал в Пскове, затем переехал в Москву и был введен Иваном Грозным в состав думы, образованной для ведения дел при слабоумном наследнике - Федоре Ивановиче. Иван Петрович вел непримиримую борьбу с фактическим правителем страны в годы царствования Федора Ивановича - Борисом Годуновым. В союзе с митрополитом Дионисием Шуйский попытался в 1586 г. добиться развода Федора с Ириной Годуновой, но Бори сумел удержаться у власти: Дионисий был сведен с митрополичьего престола, а Шуйский обвинен в измене и сослан. В Белоозере принявший схиму Шуйский неожиданно умер - угорел в своей келье. Есть основания полагать, что смерть его не была случайной.