Сергей Сергеевич Яковлев родился в 1855 г. в Петербурге. В 1879 г. он окончил Военно-медицинскую (бывшую Медико-хирургическую) академию. Во второй половине 1884 г. Сергей Сергеевич начал работать в клинике профессора В. М. Тарновского, который оказал огромное влияние на его дальнейшую творческую работу. В 1899 г. С. С. Яковлев защитил докторскую диссертацию на тему: "Материалы к азотистому метаморфозу сифилитиков в периоде высыпи и во время лечения" и в звании приват-доцента приступил к чтению самостоятельного курса для студентов в клинике профессора В. М. Тарновского. В 1902 г. в связи с избранием на должность профессора и заведующего кафедрой кожных и венерических болезней Сергей Сергеевич переезжает в Одессу. С. С. Яковлев напечатал 35 научных трудов, в которых проявил себя как крупнейший ученый-клиницист. Его работы по лечению сифилиса сальварсаном явились одними из первых в нашей стране, посвященных этому вопросу. Большого внимания заслуживает работа Сергея Сергеевича "Об особой форме мягкой язвы, симулирующей твердый шанкр". Сергей Сергеевич пришел к выводу, что существует особая форма мягкой язвы, сопровождающаяся затвердением, симулирующим первичный сифилитический склероз. Диагностика при этом основывается не только на внешнем виде язвы, но и на очень типичном затвердении, воронкообразно идущем от дна язвы вглубь ткани. Эта форма мягкого шанкра нигде не была описана и вошла во все руководства под названием "мягкий шанкр Яковлева".
Из других работ Сергея Сергеевича следует отметить: "О хроническом заболевании предстательной железы во время перелоя", "Гуммозные поражения нижнего отдела толстой кишки и заднепроходного отверстия (гуммозные проктиты Яковлева)"; "К этиологии специфических пороков сердца"; "Сифилис и туберкулез". Указанные оригинальные работы представляют собой ценный вклад в сифилидологию.
Сергею Сергеевичу Яковлеву было присвоено звание заслуженного профессора.
Профессор Яковлев состоял членом редакционной коллегии журнала "Русский вестник дерматологии", редактором отдела кожных и венерических болезней Большой медицинской энциклопедии и целого ряда других изданий. Свыше 20 лет Сергей Сергеевич был председателем Одесского дерматологического общества, он состоял членом правления Всероссийского дерматологического общества со дня его основания и почетным членом Ленинградского, Московского, Донского, Кубанского и других дерматологических обществ.