Стал заведовать кафедрой дерматовенерологии с февраля 1940, когда он был назначен на должность директора Иркутского мединститута и избран заведующим кафедрой кожных и венерических болезней.
М. С. Каплун являлся научным консультантом Иркутского клинического лепрозория, который был организован в 1926 году и существовал до 1976 года. Под руководством профессора М. С. Каплуна выполнялись научные исследования по лепре и проводились научно-практические конференции с участием дерматовенерологов и лепрологов Сибири и Дальнего Востока.
М. С. Каплун занимался проблемой патогенеза сифилиса, им была защищена докторская диссертация на тему "Роль лимфатических узлов в патогенезе сифилиса".
В 1947 году при кафедре был организован виварий. Был получен Иркутский штамм бледной трепонемы, переданной позже в экспериментальный отдел Центрального кожно-венерологического института.
Под руководством М. С. Каплуна было издано 6 сборников научных работ, проведено 2 Всероссийских конференции, в которых участвовали ведущие ученые страны и дерматовенерологи Сибири, Севера и Дальнего Востока. Им опубликовано более 150 научных работ, подготовлен 1 доктор и 7 кандидатов медицинских наук.
М. С. Каплун возглавлял научное общество дерматовенерологов, которое было организовано в 1925 году.
С 1972 года М. С. Каплун перешел на работу консультантом в Областной кожно-венерологический диспансер.