(Пятницкая улица, дом № 26/7).
Церковь впервые упоминается в Смутное время, но построена она была в XVI веке. В 1625 г. Климентовский храм уже значится каменным. В 1636 г. с востока построили еще одну церковь с двумя престолами: в честь иконы Божией Матери «Знамение» и во имя святителя Николая. Старый Климентовский храм разобрали в середине XVIII века, но осталось второе здание. В 1756—1758 гг. к Знаменской церкви пристроили одноэтажную трапезную с приделами во имя святых, чьи престолы были в снесенном храме, — святых Климента и Петра, и второй — в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина», а также возвели трехъярусную колокольню (сохранилась). Это были скромные сооружения, автором которых считается А.П. Евлашев — один из ведущих московских зодчих того времени. В 1762 г. снесли старый Знаменский храм, а к 1770 г. возвели новый грандиозный храм, хотя внутренние работы продолжались до 1774 г. Храмоздателем был купец К.М. Матвеев, а авторство проекта приписывается Д.И. Трезини, А.П. Евлашеву или К.И. Бланку, однако документы, сообщающие имя зодчего, пока не известны. Храм имел восемь престолов. Главный престол был во имя Преображения Господня. Приделы — Вознесения Господня, Рождества Пресвятой Богородицы (оба вверху на втором ярусе), икон Божией Матери «Знамение» и «Неопалимая Купина», святителя Николая Чудотворца (все три — в основном храме), священномученика Климента, папы Римского и святителя Петра Александрийского (оба — в трапезной).
Огромное здание церкви не имеет аналогов в московской архитектуре. Оно является своеобразным итогом развития храмов в стиле барокко в России и сближается с лучшими творениями великого В.В. Растрелли. Объем очень компактен, он представляет в плане почти правильный квадрат, лишь с немного вынесенными центральными ризалитами на фасадах и скругленными снаружи углами. Благодаря ширине центрального купола, мощное пятиглавие сливается в единую массу, как бы продолжающую фасады вверх, подчеркивая вертикальную композицию и парадность всего здания. Нижний ярус выделен на фасадах рустовкой выступающих частей, несущих пилястры и колонны основного яруса. Это усиливает барочную динамику стен. Второй ярус украшен пучками колонн и пышными наличниками окон. Пары колонн на центральных ризалитах образуют портики, завершенные разорванными фронтонами. Колонны сгруппированы пучками на втором ярусе фасада и на куполах. Между ними расположены окна с крупными сложными наличниками. В панораме Замоскворечья храм занимал и занимает центральное место, возвышаясь над окружающей застройкой.
Храм окружали прекрасные чугунные решетки с каменными столбиками и вазонами на них, что делало его еще более пышным. С востока — по Пятницкой улице — решетка шла не по прямой, а по дуге, вогнутой в церковный двор. Она огибала небольшой пруд, питавшийся ключом. К прудику с церковного двора вели ворота, оформленные как небольшой надкладезный павильон. Павильон также был парадными воротами на Пятницкую от храма. Интерьер храма был очень праздничный, наполненный светом, льющимся из двух рядов больших окон и из куполов. По храму на уровне второго яруса с трех сторон проходила широкая обходная галерея (хоры). На них располагались два придела. Центральный иконостас был пышным многоярусным, украшенным барочной резьбой и круглой деревянной золоченой скульптурой. В 1900 г. обновили интерьер, вновь вызолотив иконостас и заменив некоторые иконы на новые.
После закрытия храма в 1934 г. надпрестольная сень была вывезена в Антирелигиозный музей искусств, располагавшийся в Донском монастыре. Иконостасы остались на месте. Над храмом святого Климента нависла опасность сноса. Желая его сохранить, профессор В.А. Мамуровской добился передачи здания Государственной библиотеке имени В.И. Ленина для фондового хранения. Было решено так поставить стеллажи, чтобы сохранить внутреннее убранство. В 1930-е гг. храм лишился павильона, выходящего на улицу, — его уничтожили, и на его месте разбили небольшой сквер; пруд засыпали. В 1957 г., при расширении Климентовского переулка, частично передвинули, частично уничтожили ограду, но все-таки большую часть ее смогли сохранить. Храм в советское время несколько раз реставрировался снаружи, но внутри практически не поновлялся. Богослужения возобновились в 2005 г. в Знаменском приделе.