Депутат Государственной Думы Федерального Собрания РФ первого (1993—1995), второго (1995—1999) и третьего (сдекабря 1999 г.) созывов, член фракции "Союз Правых Сил" (СПС), член Комитета по делам общественных объединений и религиозных организаций; родился 2 марта 1930 г.; окончил биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова, аспирантуру, кандидат биологических наук; работал в МГУ младшим научным сотрудником; 1961—1964 — старший инженер, затем младший научный сотрудник Института биофизики АН СССР; 1964—1969 — заведующий отделом межфакультетской лаборатории математических методов в биологии МГУ, был уволен из университета по политическим мотивам; 1970—1974 — старший научный сотрудник Московской рыбоводно-мелиоративной опытной станции; в 1974 г. был арестован, приговорен к 7 годам заключения в лагере строгого режима и 3 годам ссылки (в ссылке был учеником слесаря, сторожем, лаборантом золотоизвлекательной фабрики); в 1987 г. возвратился в Москву, работал инженером Института проблем передачи информации АН СССР; 1990—1993 — народный депутат, член Совета Республики Верховного Совета РФ, член фракции "Согласие ради прогресса", председатель Комитета Верховного Совета по правам человека, член Конституционной комиссии; в Государственной Думе первого созыва был членом фракции "Выбор России", являлся уполномоченным Государственной Думы по правам человека до марта 1995 г.; в Государственной Думе второго созыва был членом Комитета по международным делам, не состоял в депутатских объединениях; депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва был избран по федеральному списку избирательного блока "Союз Правых Сил" (СПС); являлся членом Президентского Совета (1993—1996), председателем Комиссии по правам человека при Президенте РФ, заместителем председателя Временной наблюдательной комиссии по соблюдению конституционных прав и свобод граждан (1994—1995); 1993—1994 — председатель Совета Движения "Выбор России", с 1996 г. — член Политсовета ДВР.
В 1956 г. был одним из авторов письма в деканат биологического факультета МГУ о восстановлении в правах генетики как учебной дисциплины. В 1969 г. вошел в состав одной из первых правозащитных организаций в СССР — Инициативной группы защиты прав человека в СССР, которая прекратила существование в 1974 г. С 1974 г. являлся членом советского отделения международной организации "Аmnеsty Intеrnаtiоnаl". Был арестован в декабре 1974 г. и осужден за антисоветскую пропаганду — редактирование "самиздатского" журнала "Хроника текущих событий". После возвращения из ссылки продолжал заниматься правозащитной деятельностью. В 1987 г. стал сопредседателем Проектной группы по правам человека Международного фонда за выживание и развитие человечества. Был одним из инициаторов создания пресс-клуба "Гласность" в Москве (1987—1989), участвовал в возрождении Московской Хельсинской группы. С 1991 г. возглавлял в качестве председателя Совет Международного исследовательского центра по правам человека, созданного по инициативе Хельсинской группы. Выступал за отказ от марксизма-ленинизма как официальной государственной идеологии, за отмену статьи 6-й Конституции СССР, закрепляющей руководящую роль КПСС в советском обществе, за лишение КГБ функций политического сыска. Призывал обеспечить свободу деятельности политических партий и общественных организаций, реальную свободу слова, печати, убеждений. Высказывался за прекращение государственной монополии в экономике, за равноправие различных форм собственности, за предоставление возможности частного с правом наследования владения землей. Будучи народным депутатом РФ голосовал за ратификацию Беловежских соглашений о денонсации Договора 1922 г. об образовании СССР и создании СНГ. В числе 58 депутатов подписал запрос в Конституционный Суд РФ о проверке конституционности принятых VII съездом народных депутатов поправок к Конституции РФ, ограничивающих права Президента. Фактически поддержал Указ Президента Ельцина о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета в сентябре 1993 г., не явившись на созванный в ответ на этот указ Х Чрезвычайный съезд. Решением этого съезда был лишен депутатского мандата вместе с другими 98 депутатами. В декабре 1994 г. осудил решение о бомбардировках Грозного и вводе российских войск в Чеченскую Республику. Призывал к прекращению боевых действий и проведению переговоров между Б. Ельциным и Д. Дудаевым. Подвергался резкой критике со стороны левых политических сил за свою позицию в чеченском вопросе. В марте 1995 г. по инициативе С. Бабурина был освобожден Государственной Думой от обязанностей уполномоченного по правам человека. На слушаниях по чеченскому вопросу в Конституционном Суде РФ в июле 1995 г. подверг жесткой критике Президента Ельцина, назвав его "конституционным преступником". В январе 1996 г. после неудачных действий федеральных сил по освобождению заложников в с. Первомайском заявил о своем выходе из Президентского Совета и отставке с поста председателя Комиссии по правам человека при Президенте РФ. В 1995 г. указом президента Чеченской Республики Ичкерии Д. Дудаева был награжден орденом "Рыцарь чести Ичкерии". Первоначально отказался принять награду в "представительстве Ичкерии за рубежом" в городе-побратиме Грозного — Кракове, где Ковалев находился по приглашению Краковской мэрии. Свой отказ объяснил "невозможностью принять награду от одной из воюющих сторон". В дальнейшем, уже в Москве, принял орден, заявив по этому поводу: "Война — это такое явление, которое вообще никогда не кончается. К тому же я знаю чеченский народ, простых людей, с которыми постоянно общаюсь, бывая в Чечне. И мне было бы очень тяжело обидеть этих людей своим отказом".