Заведующий кафедрой кожных и венерических болезней ЧелГМА, работает консультантом в Челябинском областном кожно-венерологическом диспансере. Ковалев Ю. Н. внедрил в работу дерматовенерологической службы области компьютерный статистический учет заболеваемости. При его активном участии на базе областного кожно-венерологического диспансера создана функционирующая много лет лаборатория, являвшаяся опорной базой центра по хламидиозам при НИИЭМ им. Н. Ф. Гамалеи. С помощью Ковалева Ю. Н. в практическое здравоохранение постоянно внедряются новейшие методы диагностики и терапии кожных и венерических болезней. За время работы в областном кожно-венерологическом диспансере им предложено более 15 новых форм, методов, средств диагностики и лечения, активного выявления и средств профилактики, что позволило стабилизировать или снизить уровень заболеваемости сифилисом и другими ИППП. Стабилизация и снижение заболеваемости инфекциями, передающихся половым путем достигнута за счет внедрения новых диагностических и лечебных методик, а также организации профилактической работы в очагах инфекции. Внедрены новые диагностические методики: ДНК-зондовая гибридизация, современные лечебные методики с использованием пролонгированных пенициллинов, иммуномодуляторов, лазеро- и магнитотерапии, которые широко использовались в дерматовенерологической практике. Ковалев Ю. Н. создал новое научное направление по диагностике и лечению болезни Рейтера, им разработаны эффективные методики лечения урогенитальных инфекций и их осложнений, которые широко используются в практической медицине. На эту тему им выпущены 2 монографии, он является соавтором учебника для студентов, руководство для врачей. Всего опубликовано свыше 210 научных работ, из них 8 методических рекомендаций, посвященных вопросам снижения заболеваемости ИППП, а так же современным методам терапии дерматозов. Им подготовлены 2 доктора и 4 кандидата медицинских наук.
Ковалев Ю. Н. является членом областной межведомственной комиссии по проблемам социальной патологии, председателем областного научно-практического общества, членом Правления Ассоциации врачей дерматовенерологов области.
В 1999 г. Ковалеву Ю. Н. выдана почетная грамота министра здравоохранения РФ.