В 1536 город был осажден 100 000 перуанцев, его защищали 250 испанцев под командованием Хуана и Гонсало Писарро. После пятимесячной осады появились войска Д. Альмагро, которому ряд покоренных территорий был передан исп. королем. Разгромив перуанцев, Альмагро сам осадил Куско и вскоре вынудил Гонсало Писарро сдаться. Хуан умер во время осады.