(1-й Смоленский переулок, дом № 20).
Храм возник в XVII в. рядом с Государевым дровяным щепным двором, на котором делали срубы для различных дворовых зданий. Этот двор был расположен на высоком берегу Москвы-реки, по которой пригонялся плотами строевой лес и дрова. Первую деревянную Никольскую церковь построили здесь в 1649 г., затем она перестраивалась в 1669 г. Современный храм был освящен 22 апреля 1686 г. Типичен для посадских храмов конца XVII века. Главный объем — кубический, с пятью несветовыми куполами. С запада пристроили трапезную, по ширине равную храму. Основной четверик украшал ряд декоративных кокошников, идущих по верху стены и отделенных красивым сложным карнизом. Окна на южной и северной стенах располагались в два света и имели наличники, завершенные высокими разорванными фронтонами. Наличники были настолько большие, что верхние как бы накрывали собой завершения нижних, которые казались незаконченными. В трапезной существовал придел преподобного Феодосия Великого (Феодосия киновиарха), после 1812 г. переосвященный во имя апостолов Петра и Павла. В начале 1773 г. в той же трапезной на средства титулярной советницы Анна Ивановой создали придел праведных Симеона и Анны.
В начале XIX века трапезную расширили на юг, в ней стало больше места для придела праведных Симеона и Анны. Тогда же храм получил изящную трехъярусную колокольню со шпилем. Стена южного придела и колокольня были построены в стиле классицизма, тактично сочетавшиеся с древнерусской архитектурой храма. Церковная территория находилась на небольшом холме. Ее окружали два переулка, спускающиеся с холма и сходившиеся около северо-восточной части церковного участка. В 1810-х гг. всю территорию храма обнесли новой оградой. На углу между переулками выстроили корпус, который располагался ниже самого храма и выполнял роль подпорной стенки. В нем разместили кладовую. Перестройка храма 1888 г., хотя проводилась только в трапезной, затронула все здание. Придел праведных Симеона и Анны перенесли в новую пристройку, сделанную с юга. Придел закрыл часть южной стены основного храма, а его граненая апсида оказалась на линии церковной ограды. Интерьер, несмотря на перестройки XIX века, почти не изменился с древних времен. Внутри был прекрасный иконостас конца XVII века в стиле московского барокко, с прорезными колоннами и чудесными резными Царскими вратами. В храме находилось много икон конца XVII—XVIII века. Настенная живопись относилась ко второй половине XIX в.
В 1936 г. храм закрыли. Судьба его святынь неизвестна. С 1932 г. его стали разбирать, но не доломали, а переделали до неузнаваемости в безликое заводское здание. Однако основной костяк храма сохранился. Это доказали проведенные в 1979 г. реставраторами пробные расчистки. В 1970-е — 1980-е гг. здесь помещался цех № 2 производственного объединения «Художественная гравюра». С 1991 г. началась реставрация церковного здания. В 1993 г. была зарегистрирована община церкви святителя Николая в Щепах. Первое помещение, которое получили члены общины, была церковная кладовая. Во время ремонта потолка в кладовой обрели часть доски Распятия из храма. В ноябре 1999 г. начались работы по восстановлению церковного здания. По проекту архитектора С.А. Генералова работы продолжались по ноябрь 2003 г., когда обновленный храм был освящен.