(Староваганьковский переулок, дом № 14, строение 6).
Местность на берегу реки Неглинной, напротив Кремля, издревле именовалась Ваганьковским холмом. В XV веке здесь стоял загородный дворец великой княгини Софьи Витовтовны — жены великого князя Василия I Дмитриевича, а за ним к востоку находилось село Ваганьково. Единственный сохранившийся до наших дней храм в этой местности — святителя Николая с Сергиевским приделом. Первоначально его построили в XV веке деревянным. В 1531 г. его сменил каменный. В середине XVII века церковное здание разобрали, сохранив часть белокаменного подклета, который включили в объем новой церкви. Этот храм имел трехшатровое завершение, снесенное в XVIII веке. В 1745—1759 гг. храм перестраивался почти полностью. Тогда в нем с юга возвели придел преподобного Сергия Радонежского, который освятили в конце 1755 г., а главный престол — в 1759 г. В 1782 г. с запада пристроили колокольню (разобрана в 1842 г.).
Разграбленный в войну 1812 г., Никольский храм обветшал. Сергиевский придел стоял неосвященным до 1842 г., когда в связи с устройством в Пашковом доме 4-й мужской гимназии церковь, находившуюся в его внутреннем дворе, отремонтировали, освятили придел и снесли колокольню, оставив только нижний ярус, где размещался притвор. Никольская церковь с середины XIX в. стала домовой для гимназии, а с 1861 г. для Румянцевского музея. В начале 1850-х гг. в этой церкви любил молиться Н.В. Гоголь, живший неподалеку — на Никитском бульваре. 14 февраля 1896 г. в Никольский храм был назначен священник Леонид Михайлович Чичагов (впоследствии священномученик митрополит Серафим). В храме в 1895—1903 гг. с запада увеличили придел сорока мучеников Севастийских и, расширив старый притвор, возвели над ним звонницу в русском стиле по проекту архитектора А.П. Евланова. Существующий Никольский храм завершается восьмериком, с куполом, на котором стоит небольшая главка, вторая главка стоит на вершине звонницы.
Церковь закрыли около 1930 г., и в ней сделали одно из книгохранилищ Библиотеки имени В.И. Ленина (ранее — Румянцевская библиотека). В 1980-х годах началась реставрация, которую вел архитектор А.А. Клименко, затем — Б.Г. Могинов. Последний обнаружил остатки белокаменных частей храма XVI века, которые прекрасно сохранились.
Борис Могинов вывел части обнаруженных сводов подклета в интерьер по бокам основного четверика, а также открыл белокаменную кладку в апсиде Сергиевского придела, доказав, что он построен одновременно с главным храмом. В 1990 г. восстановили главы на храме и звоннице. Вскоре здание было отдано общине верующих. Постепенно был выложен пол в приделе, стесаны выведенные своды, восстановлена живопись. Верующие передали в храм много икон XVIII—XIX веков. На фасаде были сделаны несколько мозаичных изображений, в частности на северной стене икона Сорока Севастийских мучеников в память о храме во имя этих святых, стоявшем некогда поблизости. Никольский храм был, наверное, первым в Москве, где на стене был сделан образ царя-мученика Николая II, за несколько лет до его канонизации. В храме имеются редкие образцы деревянной скульптуры — образы святителя Николая Можайского (1990-е гг.) и Нила Столбенского.