— митрополит Сарский и Подонский (то есть митрополит Крутицкий).
Был постриженником и насельником Павло-Обнорского монастыря Вологодской епархии.
В 1595 году возведен в сан архимандрита Московского Чудова монастыря.
В 1598 году участвовал в Земском Соборе, избравшем на престол Бориса Годунова.
В 1605 году хиротонисан на Крутицкую кафедру с возведением в сан митрополита.
Митрополит Пафнутий активно выступал за избрание на престол Василия Шуйского. В Успенском соборе Кремля он нарек объявленного царем Шуйского "государем всея Руси" и отслужил молебен. Митрополит Пафнутий был в числе составителей грамоты об избрании Шуйского на трон, а позднее принимал участие в его коронации. В феврале 1607 года по поручению патриарха Ермогена († 1612; память 17 февраля/2 марта, 12/25 мая и 5/18 октября) двукратно ездил в Старицу за бывшим патриархом Иовом, чтобы он простил и разрешил всех православных христиан за совершенные ими нарушения крестного целования и измены. 20 февраля 1607 года в Успенский собор Кремля собралось множество народа, прибыли оба патриарха с другими святителями и духовенством. Бывший патриарх Иов встал у патриаршего места, а патриарх Гермоген встал на патриаршем месте. Тогда все находившиеся в храме христиане с великим плачем и воплем обратились к Иову, просили у него прощения и подали ему челобитную. В челобитной православные исповедовались пред своим бывшим патриархом, как они клялись служить верою и правдою царю Борису Федоровичу и не принимать вора, называвшегося царевичем Димитрием, и изменили своей присяге, как клялись потом сыну Бориса Федору и снова преступили крестное целование, как не послушались его, своего отца, и присягнули Лжедмитрию, который лютостию отторгнул его, пастыря, от его словесных овец, а потому умоляли теперь, чтобы первосвятитель простил и разрешил все эти преступления и измены всем жителям России и тем, которые уже скончались. Затем архидиаконом была прочитана разрешительная молитва, составленная от имени обоих патриархов и всего Собора. Со слезами радости православные припадали к стопам Иова, просили его благословения, а он убеждал всех, чтобы, получив теперь разрешение, они уже никогда впредь не нарушали крестного целования.
В 1607 году митрополит Пафнутий совершал отпевание и погребение патриарха Иова.
Скончался митрополит Пафнутий в 1611 году.
Преосвященный Пафнутий, собрат и друг преподобного Адриана Монзенского († 1610; память в Соборе Костромских святых 23 января/5 февраля), чудотворца, был муж опытный в духовной жизни. Вместе с преподобным Адрианом сподобился чудесного видения будущего Монзенского Ферапонтова монастыря. Митрополит Пафнутий был духовным руководителем преподобного Никодима Кожеезерского, Хозьюгского († 1640; память 3/16 июля).
В период с 1598 по 1600 годы Пафнутий передал в Чудов монастырь в качестве вкладов рукописи "Лествицы" Иоанна Синайского, сочинений Петра Дамаскина, "Поучений" аввы Дорофея, "Толкований на 16 пророков", Псалтири толковой, а также книгу Василия Великого о постничестве, напечатанную в 1594 году в Остроге. С 1599 по 1600 год в Чудовом монастыре было переписано 17 объемистых томов, над одиннадцатью из которых (Минеями Четьими Чудовскими) трудилось 22 писца. Это свидетельствует о существовании в кремлевской обители в период настоятельства там архимандрита Пафнутия книгописной мастерской.
Литература:
Соловьев С. М. История России с древнейших времен: в 6 т. — 3-е изд. — СПб., 1911. — Т. 2, с. 818.
Диев М. Я., протоиерей. Поверка иерархических каталогов Российских древних епархий с летописями и актами (рукопись архива Святейшего Синода).
Протопопов Д. И. Жития святых, чтимых православною Российской Церковью...: в 12 т. — М., 1884—1885, декабрь, с. 245—247. Никодим (Кононов), иеромонах. Архангельский Патерик. — СПб., 1901, с. 122—125. Филарет (Гумилевский), архиепископ. Русские святые, чтимые всею Церковию или местно:
Опыт описания жизни их: в 3 т. — 3-е изд., с доп. — СПб., 1882, 5 (май), с. 128. Зверинский В. В. Материалы для историко-топографического исследования о православных монастырях в Российской империи с библиографическим указателем: в 3 т. — СПб., 1890— 1897. — Т. 2, № 1357, с. 409. Строев П. М. Списки иерархов и настоятелей монастырей Российской Церкви. — СПб., 1877, с. 163,1035.
Краткое историческое описание монастырей Архангельской епархии. — Архангельск, 1902, с. 514.
Жития святых, на русском языке, изложенные по руководству Четьих-Миней святителя Димитрия Ростовского с дополнениями, объяснительными примечаниями и изображениями святых: в 12 кн. и 2 кн. доп. — М., 1903—1911, 1908, 1916, доп. кн. 1, с. 514—515, 521. Исторический вестник. — СПб., 1896, январь, с. 215; февраль, с. 528. Русский инок. — 1914. — № 5, с. 304.
Н. Д[урново]. Девятисотлетие русской иерархии 988—1888. Епархии и архиереи. — М., 1888, с. 40.
Макарий (Булгаков), митрополит. История Русской Церкви: в 9 т. — М., 1994—1997. — Т. 6, с. 73, 90, 91,111, 738.
Солодкин Я. Г. Пафнутий // Словарь книжников и книжности Древней Руси. — СПб., 1998. — Вып. 3, ч. 3, с. 23—25.