М. И. Пер родился 15 августа 1895 г. в Варшаве. Медицинское образование получил в Москве (окончил медицинский факультет II Московского государственного университета).
С 1922 по 1934 г. М. И. Пер работал в Государственном кожно-венерологическом институте в качестве ординатора, ассистента, затем старшим научным сотрудником, одновременно вел преподавательскую работу в Центральном институте усовершенствования врачей.
В мае 1934 г. он был утвержден профессором кафедры кожных и венерических болезней Крымского медицинского института (Симферополь), где работал до 1937 г. За это время им была организована клиника кожных и венерических болезней и создано Крымское общество дерматовенерологов, председателем которого он состоял до переезда в Москву.
Во время Великой Отечественной войны М. И. Пер организовал дерматосифилидологическое отделение для военнослужащих (филиал больницы им. С. П. Боткина) и заведовал им.
С 1949 г. проф. М. И. Пер работал в Клинической кожно-венерологической больнице им. Короленко, являясь ее научным руководителем и заведующим отделением.
С 1924 г. на протяжении ряда лет Михаил Иванович состоял референтом журнала "Венерология и дерматология", а также активно участвовал в составлении Большой медицинской энциклопедии, написав для нее много статей по различным вопросам дерматовенерологии.
М. И. Пер был членом ученой комиссии Мосгорздравотдела. Его перу принадлежит свыше 80 научных работ по актуальным вопросам дерматовенерологии. Научные труды Михаила Ивановича широко известны как в нашей стране, так и за рубежом. Под его руководством выполнено несколько диссертационных работ.
За безупречную и долголетнюю работу он был награжден медалями.