(Новозаводская улица, дом № 6).
Выстроена на правом берегу Москвы-реки, рядом с более древним деревянным храмом, известным на этом месте с 1619 г. Покровская церковь в Филях является уникальным памятником русского зодчества стиля московское барокко. В 1689 г. село Фили было пожаловано боярину Льву Кирилловичу Нарышкину. Строительство храма началось летом 1690 г. и закончилось не позднее лета 1691 г. Дата эта значилась на антиминсе храма, находившемся позднее в Оружейной палате и ныне утерянном. Еще несколько лет продолжались работы над завершением внутреннего убранства. В подклете освятили храм Покрова Пресвятой Богородицы, и в него перенесли престол из ветхого деревянного храма. Нижний храм был зимним. Верхний храм с престолом Спаса Нерукотворного образа был до 1783 г. домовым храмом в усадьбе Нарышкиных.
На высоком подклете, окруженном открытой галереей на аркаде с тремя широкими лестницами, установлен двусветный четверик, к которому со всех сторон света примыкают полукружия притоворов и апсид. На четверике установлены три убывающих по объемам восьмерика, средний из которых является звонницей, а верхний несет церковную главу. Еще четыре главы на граненых барабанах установлены над притворами и апсидами. Церковь обладает пышным белокаменным декором. По углам четверика и восьмериков ее украшают колонки, поддерживающие сложно-профилированные карнизы, над которыми установлены изящные резные гребешки. Гребешки также украшают колончатые оконные наличники. Внутри храма сохранился уникальный резной девятиярусный иконостас, увенчанный распятием. Предполагается, что иконостас был выполнен белорусскими резчиками по рисункам мастера Оружейной палаты Карпа Золотарева. Он же совместно с Кириллом Улановым и Богданом (Иваном) Салтановым выполнил большинство икон храма. В их числе — иконы «Архидиакон Стефан» и «Архидиакон Лаврентий», написанные Салтановым, в которых исследователи склонны видеть портреты царей Петра I и Ивана V Алексеевичей. Фрагменты первоначальных великолепных росписей храма сохранились на сводах.
Храмовым образом стала переданная из деревянной Покровской церкви икона Спаса Нерукотворного образа. Ее покрывала золотая риза, украшенная изумрудами, алмазами, рубинами и другими драгоценными камнями. Храм неоднократно обновлялся. В конце XVIII века работы по реставрации проводились под руководством М.Ф. Казакова. В 1812 г. в нижней Покровской церкви наполеоновские солдаты устроили конюшню, а ее внутреннее убранство было утрачено. Часть витражей похитили, остальные были найдены в канаве (позже витражи передали в Исторический музей). В 1882 г. в здании церкви, в помещениях, занимаемых до того сторожами и просфорницей, были устроены три часовни: Животворящего Креста Господня, Покрова Пресвятой Богородицы и святителя Николая.
В 1933 г. община сумела отстоять храм, собрав 900 подписей в его защиту. Но это не спасло настоятеля священника Алексия Глаголева, который был расстрелян в 1937 г., а вместе с ним староста М.И. Ястребов и схимонахиня Александра (М.А. Червякова). Храм закрыли в 1941 г., сломали его главы, разобрали верхний восьмерик. В 1950-1960-е гг. фасады храма отремонтировали, и в 1971 г. церковное здание передали Центральному музею древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева. Были восстановлены интерьеры нижнего храма с деталями декора XVII—XIX веков, в верхнем храме провели кропотливую реставрацию. Богослужения возобновились в 2000 г., и проводятся по согласованию с Музеем.