Важным шагом в деле объединения русских земель вокруг Москвы было подчинение Новгородской республики – оплота враждебных московскому царю сил. Новгородское боярство в годы феодальной войны поддерживало Шемяку. Реформой посадничего управления 1410 г. в Новгороде был фактически ликвидирован вечевой строй. Простые новгородцы, утратив возможность защиты своих прав на вече, стали видеть защитника в московском князе. В 1456 г., проиграв сражение Василию II, Новгород подписал договор, по которому признавал свою политическую зависимость от Москвы. Новгородские бояре во главе с Марфой Борецкой (Посадницей), люто ненавидевшие Москву, взяли курс на переход Новгорода под власть Литвы. Новгород заключил договор с Польским королем Казимиром IV, согласно которому признавал его своим князем, а Казимир брал обязательства защищать Новгород от московской агрессии. Ответом Москвы стал поход на Новгород в 1471 г. Он завершился сражением на реке Шелони в котором новгородца были разгромлены. Казимир IV не выполнил договора и не помог новгородцам. Иван III сурово расправился с пленными представителями новгородской знати, казнил сына Марфы Дмитрия Борецкого, но простых новгородцев отпустил, произведя на народ впечатление защитника его интересов, борца с боярским притеснением. Но Новгород остался пока независимым.
В 1478 г. Иван III совершил завершающий поход на Новгород. Новгородские земли вошли в Московское княжество, (См. историческую карту «Образование Российского централизованного государства») республика была ликвидирована. Вече было отменено, вечевой колокол увезен в Москву. Земли у наиболее враждебных Ивану III бояр (в том числе у Марфы Борецкой) были конфискованы, но прочие боярские вотчины Иван III обещал не трогать. Эти обещания он не сдержал. Вскоре начались новые конфискации. Земли выселенных новгородцев отдали московским служилым людям.
Оценка этого подчинения Новгородской республики Москве неоднозначна. Известный советский ученый В.Л. Янин писал, что с одной стороны, как будто бы монархия поглотила республику, вдвое увеличила территорию национального государства, укрепив себя перед лицом всего мира. Народоправство было раздавлено колесницей московского князя. Великого Новгорода не стало. И о славе его уже не гудел вечевой колокол, а лишь позванивали валдайские колокольчики. Аналогичную позицию еще в XIX в. занимал А.И. Герцен.
Однако нельзя забывать, что республика Новгорода была государством бояр, крупнейших землевладельцев. Вся земля в городе принадлежала крупным землевладельцам, на дворах которых ютился «черный люд» - ремесленники и мелкие торговцы, не имевший усадеб и дворов. Именно эти могущественные владельцы крупных усадеб составляли категорию вечников (т.е. принимавших участие в вече) в XV в. Привилегированная верхушка новгородцев вела борьбу за власть, доходы и влияние. В ходе этой борьбы она была способна на измену национальных интересов. Вот почему присоединение Новгорода (в целом, вероятно, прогрессивное, ибо увеличило Русь) потребовало военных походов. Перед мощью всей остальной Руси Новгородская республика не устояла. Тогда и прозвучали ставшие крылатыми слова великого князя: «…вечю колоколу не бити, посаднику не быти, а государство все нам держати».