После смерти Ивана Грозного Земский собор, составленный из служилых людей, признал царем сына Ивана IV Федора. В 1589 г. было введено патриаршество, что означало независимость Русской православной церкви от Константинополя. В 1597 г. вводились «урочные лета» – пятилетний срок сыска беглых крестьян. В 1598 г. со смертью Федора Ивановича и пресечением династии Рюриковичей Земский собор большинством голосов избрал Бориса Годунова на царство.
Начало ХVII в. – период Смутного времени. Причины Смуты заключались в обострении социальных, сословных, династических и международных отношений в конце правления Ивана IV и при его преемниках.
1) В 1570–1580 х гг. в запустение пришли наиболее развитые в экономическом отношении центр (Москва) и северо запад (Новгород и Псков) страны. В результате опричнины и Ливонской войны часть населения разбежалась, другая – погибла. Центральная власть, чтобы предотвратить бегство крестьян на окраины, пошла по пути прикрепления крестьян к земле феодалов землевладельцев. Фактически в государственном масштабе установилась система крепостного права. Введение крепостного права привело к обострению социальных противоречий в стране и создало условия для массовых народных выступлений.
2) После смерти Ивана IV Грозного не оказалось наследников, способных продолжить его политику. В царствование мягкого по характеру Федора Ивановича (1584–1598) фактическим правителем страны был его опекун Борис Годунов. В 1591 г. в Угличе при неясных обстоятельствах погиб последний из прямых наследников престола, младший сын Ивана Грозного царевич Дмитрий. Народная молва приписывала организацию убийства Борису Годунову. Эти события вызвали династический кризис.
3) В конце XVI в. происходит усиление соседей Московской Руси – Речи Посполитой, Швеции, Крымского ханства, Османской империи. Обострение международных противоречий станет еще одной причиной разразившихся в период Смуты событий.
В период Смуты страна фактически находилась в состоянии гражданской войны, сопровождавшейся польской и шведской интервенциями. Широкое распространение получили слухи, что жив царевич Дмитрий, «чудесно спасшийся» в Угличе. В 1602 г. в Литве объявился человек, выдававший себя за царевича Дмитрия. Согласно официальной версии московского правительства Бориса Годунова, человек, выдававший себя за Дмитрия, был беглый монах Григорий Отрепьев. В историю он вошел под именем Лжедмитрия I.
В июне 1605 г. ставленник польской шляхты Лжедмитрий I вступил в Москву. Однако его политика вызывала недовольство и простого народа, и бояр. В результате заговора боярства и восстания москвичей в мае 1606 г. Лжедмитрий был убит. Бояре провозглашают царем Василия Шуйского (1606–1610).
В 1606–1607 гг. происходит народное выступление под предводительством Ивана Болотникова. Летом 1606 г. Болотников из Кром двинулся на Москву. По дороге небольшой отряд превратился в мощное войско, в состав которого вошли крестьяне, посадские люди и даже отряды дворян во главе с Прокопием Ляпуновым. Болотниковцы на два месяца осадили Москву, но в результате измены части дворян были разгромлены войсками Василия Шуйского. В марте 1607 г. Шуйский издал «Уложение о крестьянах», вводившее 15 летний срок сыска беглых крестьян. Болотников был отброшен к Калуге и осажден царскими войсками, однако вырвался из осады и отступил к Туле. Трехмесячную осаду Тулы возглавил сам Василий Шуйский. Река Упа была перегорожена плотиной и крепость затоплена. После обещания В. Шуйского сохранить жизнь восставшим те открыли ворота Тулы. Нарушив слово, царь жестоко расправился с повстанцами. Болотников был ослеплен, а затем утоплен в проруби в городе Каргополе.
В то время, когда Шуйский осаждал Болотникова в Туле, на Брянщине объявился новый самозванец. Опираясь на поддержку польской шляхты и Ватикана, в 1608 г. из Польши на Россию выступил Лжедмитрий II. Однако попытки взять Москву окончились безрезультатно. Лжедмитрий II остановился в 17 км от Кремля в селе Тушино, за что и получил прозвище «Тушинский вор».
Для борьбы с тушинцами Шуйский в феврале 1609 г. заключил договор со Швецией. Шведы давали войска для борьбы с «Тушинским вором», а Россия отказывалась от своих претензий на Балтийское побережье.
Польский король Сигизмунд III приказал шляхтичам покинуть Тушино и идти под Смоленск. Тушинский лагерь распался. Лжедмитрий II бежал в Калугу, где вскоре был убит. Тушинские бояре пригласили на московский престол сына польского короля царевича Владислава.
Летом 1610 г. в Москве произошел переворот. Шуйский был свергнут, власть захватили бояре во главе с Ф. И. Мстиславским. Это правительство получило название «семибоярщина». Несмотря на протесты патриарха Гермогена, «семибоярщина» заключила договор о призвании на русский престол царевича Владислава и пустила польских интервентов в Кремль.
Катастрофическое положение всколыхнуло патриотические чувства русского народа. В начале 1611 г. сложилось Первое народное ополчение во главе с П. Ляпуновым осадившее Москва, но из за внутренних разногласий между участниками оно распалось, а Прокопий Ляпунов был убит.
Шведские войска, освобожденные после свержения Шуйского от договорных обязательств, захватили значительную часть севера России, включая Новгород, осадили Псков, поляки после почти двух лет осады овладели Смоленском. Польский король Сигизмунд III объявил, что сам станет русским царем, а Россия войдет в Речь Посполитую.
Осенью 1611 г. сложилось Второе народное ополчение по инициативе нижегородского посадского старосты Кузьмы Минина и возглавленное князем Дмитрием Пожарским. В 1612 г. Москва была освобождена от поляков.
В феврале 1613 г. на престол Земским собором был избран Михаил Романов.