А. Я. Вартапетов родился 20 января 1894 г. в семье техника, в 1913 г. окончил с медалью II Тифлисскую классическую гимназию и поступил в Петербургскую военно-медицинскую академию, откуда в 1914 г. перевелся на медицинский факультет Московского университета, который окончил весной 1919 г. С 1919 по 1921 г. он работал ординатором в инфекционных госпиталях Москвы и Саратова, заведующим больницей Покровского уезда Саратовской губернии и участковым врачом, в 1921 г. возвратился в Грузию и стал дерматовенерологом в районах, а с 1930 г. — ординатором Центрального кожно-венерологического диспансера в Тбилиси. С 1936 по 1939 г. Арташес Яковлевич работал ассистентом при кафедре кожных болезней Тбилисского медицинского института.
В годы Великой Отечественной войны с июля 1941 г. был начальником кожно-венерологического госпиталя, а с 1942 по 1945 г. — заведующим кожным отделением и консультантом эвакогоспиталей Тбилиси.
С 1952 г. руководил дерматологическим отделом Грузинского кожно-венерологического института. Одновременно с 1952 по 1956 г. он занимал должность заместителя директора по научной части института.
В 1941 г. Арташес Яковлевич защитил кандидатскую диссертацию "Материалы к изучению бактериофаготерапии преимущественно стафилогенных пиодермии", а в 1953 г. — докторскую диссертацию "Материалы к изучению патогенеза некоторых нейрогенных дистрофий кожи в клинике и эксперименте". В 1962 г. ему присвоено почетное звание Заслуженного Деятеля науки.
В течение многих лет он состоял членом Ученого совета Института гигиены труда и профессиональных заболеваний, в 1968 Министерством здравоохранения нашей страны был утвержден членом Ученого совета Тбилисского института вакцин и сывороток.
Перу ученого принадлежит около 200 научных трудов и 14 монографий. Под его руководством выполнено 17 диссертаций, в том числе 5 докторских. Он был членом редакционной коллегии 16 томов сборника научных трудов Грузинского кожно-венерологического института.
Арташес Яковлевич являлся почетным член Всесоюзного, Киевского областного и городского и Армянского республиканского обществ дерматовенерологов. Он был председателем и заместителем председателя Тбилисского городского научного общества дерматовенерологов.
В 1944—1945 гг. на посту уполномоченного Народного Комиссариата здравоохранения и ЦКВИ он восстанавливал кожно-венерологическую сеть и организовывал борьбу с массовыми заболеваниями чесоткой и пиодермитами в освобожденных от фашистской оккупации областях Белорусии. А. Я. Вартапетов награжден 5 медалями.